Στις 18 Δεκεμβρίου 1956 συλλαμβάνεται εκ νέου και κατηγορείται για κατοχή και διακίνηση παράνομου οπλισμού. Η δίκη του ορίζεται για τον Μάρτιο του 1957. Στη διάρκεια της ακροαματικής διαδικασίας δεν αφήνει περιθώρια στους δικηγόρους του για να τον υπερασπιστούν. Παραδέχεται την ενοχή του, με αξιοθαύμαστο τρόπο: «Γνωρίζω ότι θα με κρεμάσετε. Ό,τι έκαμα το έκαμα ως Έλλην Κύπριος όστις ζητεί την Ελευθερίαν του. Τίποτα άλλο».
Την επομένη της καταδίκης του Παλληκαρίδη σε θάνατο, ο κόσμος ξεσηκώνεται για να σώσει τον νεαρό μαθητή. Οι εκκλήσεις για την απονομή χάριτος από την Ελλάδα, την Αγγλία και τις Ηνωμένες Πολιτείες απορρίπτονται από τον άγγλο κυβερνήτη Τζον Χάρντινγκ και την αγγλική διπλωματία.
Ο Βαγορής, όπως ήταν το χαϊδευτικό του, δεν πτοείται. Στο τελευταίο γράμμα του δηλώνει: «Θ' ακολουθήσω με θάρρος τη μοίρα μου. Ίσως αυτό να 'ναι το τελευταίο μου γράμμα. Μα πάλι δεν πειράζει. Δεν λυπάμαι για τίποτα. Ας χάσω το καθετί. Μια φορά κανείς πεθαίνει. Θα βαδίσω χαρούμενος στην τελευταία μου κατοικία. Τι σήμερα, τι αύριο; Όλοι πεθαίνουν μια μέρα. Είναι καλό πράγμα να πεθαίνει κανείς για την Ελλάδα. Ώρα 7:30. Η πιο όμορφη μέρα της ζωής μου. Η πιο όμορφη ώρα. Μη ρωτάτε γιατί.»
Τα μεσάνυχτα της 13ης Μαρτίου 1957 οδηγείται στην αγχόνη. Τραγουδά τον Εθνικό Ύμνο. Δύο λεπτά αργότερα (14 Μαρτίου) η καταπακτή ανοίγει και ο Ευαγόρας Παλληκαρίδης περνά στην αιωνιότητα.